1.交易目的不同

　　全国股份转让系统是中小微企业与产业资本的服务媒介，主要是为企业发展、资本投入与退出服务，不是以交易为主要目的。

　　2.服务对象不同

　　全国股份转让系统的定位主要是为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务。

　　3.信息披露不同

　　新三板信息披露要求低于创业板。新三板仅需年半年报和年报，季报不强制披露，另外还无强制预披露要求。

　　4.投资者群体不同

　　我国证券交易所的投资者结构以中小投资者为主，而全国股份转让系统实行了较为严格的投资者适当性制度，对自然人和机构都有具体要求。

　　5.交易规则不同

　　新三板200人限制和投资者限制决定了较低的流动性。另外，新三板企业的股权高度集中，可流通股权比例低。在交易方式上，新三板可以采取协议方式、做市方式、竞价方式或其他中国证监会批准的转让方式。而主板、创业板多采用竞价交易方式，大宗交易采用协议大宗交易和盘后定价大宗交易方式。